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| Untersuchte Arbeit: Seite: 23, Zeilen: 13-27 |
Quelle: Kröncke 2011 Seite(n): 20, Zeilen: 9ff |
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| 2.2.7. Ridom StaphType Software:
Die spa-Typisierung wurde mittels der StaphType Software der Firma Ridom determiniert (Ridom GmbH). Die Software enthält drei Baukasten: den Sequenzbearbeiter, die Datenbank und den Baukasten mit dem Befunderzeuger. Nachdem die Eingangsdaten bereitgestellt sind, fügt die Software jeder aufgerufenen Base eine Eigenschaft zu, die einer Sequenzdefekt-Wahrscheinlichkeit entspricht. Unter Berücksichtigung des Qualitätswerts, erstellt die Software eine Sequenzübereinstimmung, erkennt automatisch die spa-Wiederholungen und bestimmt einen spa-Typ. In mindestens 90 % der Fälle ist keine weitere manuelle Bearbeitung notwendig. Für die verbliebenen Sequenzen kann ein wandlungsfähiger, graphischer Programmieradapter benutzt werden, der diese manuell mithilfe eines integrierten Expertensystems bearbeitet. Sequenzinformationen die vor oder nach dem Repetierbereich liegen werden für die spa-Kodierung nicht berücksichtigt. Dennoch, sucht die Software nach 5‘ und 3‘ Ende-Sequenzen in der korrekten Distanz um zu gewährleisten dass kein führendes oder endendes Repeat fehlt. Sobald das Bearbeiten der Sequenzen beendet ist, können die Ergebnisse der spa-Typisierung sowie zusätzliche epidemiologisch relevante Daten [in einem relationalem Datenbanksystem gespeichert werden.] |
Ridom StaphType Software:
Zur Durchführung der spa-Typisierung wurde die StaphType Software der Firma Ridom verwendet (Ridom GmbH). Diese Software enthält die drei Hauptbereiche: Datenbank, Sequenzbearbeiter und Befunderzeuger. Im praktischen Ablauf werden die Eingangsdaten bereitgestellt, und mittels der Software wird jeder aufgerufenen Base eine Eigenschaft hinzugefügt, die einer Sequenzdefekt-Wahrscheinlichkeit entspricht. Die Software ermittelt den spa-Typ, indem es Sequenzübereinstimmungen unter Berücksichtigung des Qualitätswerts erkennt. Somit ist in über 90% keine weitere manuelle Bearbeitung erforderlich. Ist diese jedoch notwendig, kann ein wandlungsfähiger, graphischer Programmieradapter benutzt werden, der eine manuelle Bearbeitung mithilfe eines integrierten Expertensystems durchführt. Um den spa-Typ zu ermitteln, wird nur die Information aus dem Repetierbereich genutzt. Zur Sicherstellung, dass kein führendes oder endendes Repeat fehlt, ermittelt das Programm zusätzlich die 5’- und 3’-Ende-Sequenzen in der korrekten Distanz. Die Ergebnisse der spa-Typisierung sowie weitere epidemiologisch relevante Daten können nach Beendung der Sequenzbearbeitung in einem relationalem Datenbanksystem gespeichert werden und mithilfe der Boole-Funktion in tab-delimited spreadsheet Format erneuert und exponiert werden. |
Ein Verweis auf die Quelle fehlt, obwohl die Passagen inhaltlich übereinstimmen und gleich strukturiert sind. Fortsetzung auf der nächsten Seite: Aaf/Fragment 024 01. |
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